Głównym powodem dlaczego Madagaskar stał się tak poplarnym miejscem było stworzenie filmu animowanego pod tym samy tytułem .
Film opowiada historię czterech zwierząt z Zoo w Central Parku – lwa Aleksa, zebry Marty'ego, żyrafy Melmana i hipopotamicy Glorii. Czwórka przyjaciół wiodła w Zoo spokojne i dostatnie życie, jednak Marty zawsze marzył o ujrzeniu naturalnego środowiska i świata poza cywilizacją. Okazja nadarza się, gdy cztery pingwiny (Skipper, Rico, Szeregowy i Kowalski) opracowują plan ucieczki z Zoo. Marty idzie ich śladem, a jego przyjaciele, przekonani, że poza Zoo sobie nie poradzi, ruszają mu na pomoc. Ucieczka zwierząt wzbudza panikę w Nowym Jorku i ostatecznie zapada decyzja o przetransportowaniu ich wraz z dużą częścią innych mieszkańców Zoo do Afryki. Statek, na którym przewożone są zwierzęta, zostaje jednak porwany przez wspomniane pingwiny, a Marty, Alex, Melman i Gloria przez splot wydarzeń trafiają na wyspę Madagaskar. Tam ujawnia się dzika natura Alexa.
Popularność pierwszej części filmu spowodowała, że wytwórnia DreamWorks równocześnie z przygotowywaniem filmu Madagaskar 2 przystąpiła do produkcji serialu Pingwiny z Madagaskaru, którego pierwsze odcinki ukazały się, podobnie jak Madagaskar 2, w roku 2008. Akcja serialu rozgrywa się w nowojorskim zoo, pierwszoplanowymi postaciami są pingwiny Skipper, Kowalski, Rico i Szeregowy, ale pojawiają się w nim jako mieszkańcy zoo te same postacie, co w kinowych filmach cyklu Madagaskar, łącznie z królem Julianem i innymi lemurami. Serial jest zatem w stosunku do filmów pełnometrażowych historią alternatywną.