Wyspa została zasiedlona prawdopodobnie w I tysiącleciu n.e., a zamieszkujący ją Malgasze powstali w wyniku mieszania się ludności przybyłej w kolejnych falach osadniczych z Afryki i Azji Południowo-Wschodniej (gł. Archipelagu Malajskiego). Początkowo koloniści zasiedlali wybrzeża, ale już w XIII w. w centrum Madagaskaru żyła ludność pochodzenia afrykańskiego. Jako jedni z ostatnich (ok. XIV–XV w.) przybyli na wyspę z wysp obecnej Indonezji przodkowie ludu Merina, którzy zamieszkali w głębi terytorium Madagaskaru, na obszarze obecnie zwanym Imerina. Zróżnicowanie geograficzne i klimatyczne sprzyjało powstawaniu i utrzymywaniu się odrębności etnicznych. Poszczególne grupy różniły się przede wszystkim formą działalności gospodarczej (np. Sakalawa, na zachodnim wybrzeżu, zajmowali się głównie hodowlą bydła, Merina, w centrum, uprawiali ryż). Mieszkańcy Madagaskaru utrzymywali (ok. XII–XIII w.) intensywne kontakty handl. z miastami-państwami wschodniego wybrzeża Afryki (Mogadiszu, Malindi, Kilwa), dla których Madagaskar stał się zapleczem żywnościowym (plantacje ryżu). Na południowo-zachodnich wybrzeżach, a także w południowej i zachodniej części wyspy zakładali osady handlowo-produkcyjne muzułmańscy osadnicy z miast-państw Suahili, a także z Persji i Półwyspu Arabskiego. Wyspa była także importerem i eksporterem niewolników (przynajmniej od XV w.). Niektóre osady utrzymywały, być może, kontakty z Dalekim Wschodem. W XV w. zaczęły kształtować się pierwsze państwa malgaskie.
W 1500 wyspę odkrył portugalski żeglarz D. Dias. Od końca XVI w. do zachodnich wybrzeży Madagaskaru przybijały nieregularnie statki wypraw portugalskich, holenderskich i angielskich w drodze do Indii. Portugalczycy utworzyli bazę morską w Mozambiku, ograniczając się do spacyfikowania północnych wybrzeży wyspy. Najbardziej zainteresowani wyspą byli Brytyjczycy i Francuzi: 1642 Francuska Kompania Indyjska zorganizowała wyprawę osadniczą na Madagaskar, 1643 powstał Fort-Dauphin, pierwsza faktoria francuska na Madagaskarze. W XVII i XVIII w. wyspa stała się ważnym rynkiem niewolniczym i głównym źródłem niewolników dla gospodarki plantacyjnej na pobliskich francuskich Maskarenach. W końcu XVII i na początku XVIII w. północno-wschodnie wybrzeża wyspy najeżdżali europejscy piraci, zakładając osady i wchodząc w związki rodzinne z tubylcami. Pod koniec XVIII w. nasiliła się rywalizacja francusko-brytyjska o Madagaskar (m.in. 1773–76 wyprawy M.A. Beniowskiego działającego początkowo na zlecenie rządu francuskiego, który 1785–86 usiłował założyć tam własne państwo). Handel niewolnikami i bronią sprzyjał rozwojowi państw malgaskich. W XVII–XVIII w. istniały na Madagaskar państwa Sakalawa (Menabe, Boina), na wschodzie Betsimisaraka, jednoczące dużą część wschodniego wybrzeża, w centrum państwo Merina (Imerina), ze stolicą w Antananarywie. Od końca XVIII w. dominacja Meriny, której władca, Andrianampoinimerina (1787–1810), zjednoczył wszystkie ziemie Merina. Jego syn, Radama I (1810–28), dzięki pomocy Brytyjczyków kontrolował większą część wyspy, a za życzliwość wobec Brytyjczyków (zgoda na zakładanie misyjnych szkół protestanckich i modernizację kraju) został uznany przez nich za króla całego Madagaskar (1817). Królowa Ranavalona I (1828–61) początkowo zamknęła szkoły i zmusiła Europejczyków do opuszczenia wyspy, po 1852 zmieniła politykę.
Po 1861 władca Meriny, Radama II, otworzył państwo dla Europejczyków i udzielił francuskiej kompanii handlowej koncesji na kontrolowanie wyspy, 1868 zawarł z Francją traktat przekazujący jej na własność północno-zachodnią część wybrzeża. Merina zaczęła przeciwstawiać się uzależnianiu jej przez Francję, co doprowadziło do przybycia na wyspę ekspedycji wojskowej. Od 1883 trwał podbój Madagaskaru przez wojska francuskie, zakończony 1885 ustanowieniem protektoratu (uznany przez Brytyjczyków, którzy wycofali się z rywalizacji). W 1895–96 Francja zaanektowała Madagaskar jako kolonię, zdetronizowała i deportowała ostatnią królową, Ranavalonę III (1883–97), a — wobec oporu tubylców — 1896–1905 gen. J. Gallieni (mianowany gubernatorem Madagaskar) dokonał pacyfikacji. W 1912 powstały pierwsze tubylcze organizacje niepodległościowe. Od 1946 wyspa stała się terytorium zamorskim Francji.
Po II wojnie światowej dążenia do odzyskania niepodległości nasiliły się. W 1947–48 wybuchło powstanie zbrojne wywołane przez Demokratyczny Ruch Odnowy Malgaskiej (MDRM), brutalnie stłumione przez władze francuskie (zginęło ok. 100 tys. powstańców). W 1956 powstała umiarkowana Partia Socjaldemokratyczna (PSD), pragnąca utrzymać związki z Francją, a 1958 lewicowa Partia Kongresu na rzecz Niepodległości Madagaskaru (AKFM), dążąca do całkowitej niepodległości. 14 X 1958, w wyniku referendum, Madagaskar stał się autonomiczną Republiki Malgaską w ramach Wspólnoty Francuskiej. Od 26 VI 1960 jest niepodległą republiką. Pierwszym prezydentem został Ph. Tsiranana (przewodniczący PSD i od 1958 premier); w pierwszych wyborach parlamentarnych PSD pokonała AKFM. Prezydenturę Tsiranany cechowała orientacja profrancuska oraz względna stabilizacja polityczna i społeczna. Na początku lat 70. pojawiły się trudności gospodarcze i napięcia społeczne (1971 powstanie chłopskie wywołane pogorszeniem się sytuacji ekonomicznej wsi, konflikty na tle plemiennym, zwłaszcza między ludem Merina, zamieszkującym centralny płaskowyż, a mieszkańcami wybrzeża).
W 1972 doszło do przewrotu wojsk. gen. G. Ramanantsoa (do I 1975 premier i prezydent Madagaskaru), nastąpił zwrot w polityce wewnętrznej i zagranicznej: tzw. malgasizacja kraju, reformy społeczno-gospodarcze, nawiązanie stosunków z krajami komunistycznymi i arabskimi, osłabienie więzi z Francją. W 1973 Madagaskar wycofał się ze strefy franka i wprowadził własną walutę. Wzrosło znaczenie AKFM. W II 1975, wskutek buntu przeciwko dominacji ludu Merina w siłach zbrojnych, nowy przewrót wojskowy (śmierć prezydenta) doprowadził do przejęcia władzy przez Najwyższą Radę Rewolucyjną (przewodniczą kpt. D. Ratsiraka, wywodzący się z ludów nadbrzeżnych (côtier), od 1976 prezydent Madagaskaru). Działalność partii politycznych została zawieszona; nowa konstytucja wprowadziła silną władzę wykonawczą (szerokie uprawnienia prezydenta). Ogłoszono Kartę Rewolucji Malgaskiej, deklarującą wzmocnienie orientacji socjalistycznej. W 1976 utworzono Narodowy Front na rzecz Obrony Rewolucji (FNDR), obejmujący 5 partii (m.in. AKFM), z których najważniejszą była Awangarda Rewolucji Malgaskiej (AREMA). Od 1977 FNDR był dominującą siłą, która kontrolowała rząd. Władze Madagaskar pogłębiły związki z ZSRR i krajami bloku komunistycznego. W 1982 i 1989 nastąpiła reelekcja Ratsiraki.
Narastający w latach 80. XX w. kryzys gospodarczy i społeczny oraz zadłużenie zagraniczne wymusiły odnowienie stosunków z Francją, przywrócenie gospodarki wolnorynkowej, przyjęcie pożyczki Międzynarodowego Funduszu Walutowego i ustępstwa polityczne (m.in. 1989 zniesienie cenzury i obowiązkowej przynależności do FNDR). Upadek ZSRR spowodował zacieśnienie związków gospodarczych z Zachodem, zwłaszcza z Francją. W 1990–91 wzrosły nastroje opozycyjne, doszło do masowych demonstracji i strajku generalnego; 1991 zalegalizowano opozycyjne partie polityczne. Pod naciskiem opozycji, szczególnie Komitetu Sił Aktywnych — CFV (utworzona 1991 koalicja 16 partii opozycyjnych) oraz Chrześcijańskiej Rady Kościołów Madagaskaru, doszło do podpisania XII 1991 porozumienia o rozwiązaniu Najwyższej Rady Rewolucyjnej i parlamentu. W 1992 referendum konstytucyjne przesądziło o odejściu od systemu socjalistycznego, nowa konstytucja ograniczyła uprawnienia prezydenta.
Wybory prezydenckie 1993 wygrał przywódca opozycji — A. Zafy; a w wyborach parlamentarnych ponad 50% miejsc uzyskał CFV. Madagaskar ponownie nawiązał stosunki z państwami regionu, m.in. z RPA. Tempo rozwoju gospodarczego nie było jednak wystarczające w stosunku do potrzeb i oczekiwań ludności. W VII 1996 parlament zmusił Zafy’ego do ustąpienia ze stanowiska, pod zarzutem przekroczenia uprawnień prezydenckich. W XI 1996 odbyły się przedterminowe wybory prezydenckie, które wygrał były prezydent — Ratsiraka; w wyborach parlamentarnych 1998 żadna partia nie uzyskała większości, ale najwięcej mandatów zdobyła partia Ratsiraki, AREMA. Niepokoje wywołane pogarszającą się sytuacją ekonomiczną zmusiły Ratsirakę do przyspieszenia wyborów prezydenckich; wybory z XII 2001 doprowadziły do kryzysu konstytucyjnego. Powstały 2 ośrodki władzy prezydenckiej: dotychczasowy prezydent — Ratsiraka, popierany przez Malgaszów z wybrzeża, urzędował w mieście Mahajanga, grożąc utworzeniem odrębnego państwa; drugi uczestnik wyborów — przywódca opozycji, burmistrz stolicy i biznesmen, M. Ravalomanana, mający oparcie w mieszkańcach wnętrza kraju, przy poparciu Sądu Najwyższego sprawował władzę w centrum Madagaskar. Po mediacjach OJA konflikt zakończył się w połowie 2002 wyjazdem Ratsiraki do Francji. W XII 2002 odbyły się wybory do Zgromadzenia Narodowego, które wygrała partia Ravalomanany, p.n. Kocham Madagaskar (TIM). AREMA uzyskała zaledwie 3 mandaty w Zgromadzeniu Narodowym, ale zachowało większość w ukonstytuowanym 2001 Senacie. W 2002 i 2007 wybory do Zgromadzenia Narodowego wygrała partia Ravalomanany p.n. Kocham Madagaskar (TIM); w 2009 władzę przejęła armia; 2013 demokratyczne wybory parlamentarne i prezydenckie (prez. H. Rajaonarimampianina).